El programa de Maestría y Doctorado en Ciencias e Ingeniería constituye un esfuerzo por ampliar la oferta educativa de la UABC en el área de estudios de posgrado, con el propósito de atender la necesidad de científicos, ingenieros y tecnólogos altamente especializados en los diferentes campos de las ciencias y la ingeniería capaces, de participar en la búsqueda y generación de conocimiento nuevo no sólo para el país, sino para la comunidad internacional.

El programa de Maestría y Doctorado en Ciencias e Ingeniería tiene como visión: "Ser líder en la formación de recursos humanos de alto nivel en las áreas del conocimiento de las ciencias e ingeniería en el país con reconocimiento en el extranjero, impulsando el desarrollo científico y tecnológico en la región y contando con cuerpos académicos consolidados y reconocidos".

• Formar investigadores del más alto nivel académico, capaces de realizar investigación original de manera independiente propiciando la elevación del nivel de la enseñanza y la investigación en ingeniería, la realización de estudios multi e interdisciplinarios, así como la ampliación de grupos de alto nivel capaces de formar recursos humanos para el desarrollo de la ciencia y la innovación tecnológica en ingeniería en el país.
• Impulsar la investigación básica y aplicada de alto nivel en la región mediante la participación en proyectos de investigación con la industria que permita la formación de maestros y doctores en ciencias e ingeniería con enfoque crítico, práctico y propositivo bajo un esquema de tutoría.
• Organización y puesta en operación de un esquema de posgrado en ciencias e ingeniería que facilite la transición de estudios de maestría a estudios de doctorado.
• Fortalecer las redes de investigación existentes y facilitar el camino para la formación de nuevas colaboraciones con instituciones del país y el extranjero.
• Responder a las necesidades de la sociedad en la resolución de problemas nacionales, en los cuales la ingeniería será el principal motor de nuevos proyectos de desarrollo.
• Fortalecer el proceso de consolidación de los cuerpos académicos de las unidades académicas involucradas.